Il Progetto governativo di recupero e valorizzazione dell'ex carcere borbonico prende il via nel 2017 dopo una progressione di iniziative tese alla tutela della struttura carceraria, motivate dal valore simbolico rappresentato dall'ex carcere, luogo di durissima detenzione ma anche innovativo laboratorio di sperimentazione di iniziative tese al recupero della dignità della pena.

La storia dolorosa del carcere borbonico, edificato per volere di Ferdinando IV di Borbone a partire dal 1795 e rimasto in funzione fino al 1965, ha motivato la scelta del Governo italiano che, dopo un lungo periodo di abbandono seguito alla chiusura nel 1965 in cui il carcere fu oggetto di furti, saccheggi, vandalismi ed esposto al degrado, nel 2016 avviò il  "Progetto di recupero e valorizzazione dell’ex Carcere Borbonico dell'isola di Santo Stefano/Ventotene".

Per poter portare avanti una operazione così complessa, nel 2017 è stato sottoscritto tra le Amministrazioni pubbliche responsabili del Bene  il “Contratto Istituzionale di Sviluppo” (CIS Ventotene) che prevede il “riutilizzo dell’intero Complesso per finalità prevalentemente culturali e di alta formazione” per la cui realizzazione sono stati stanziati 70 milioni di euro, successivamente integrati nel 2025 per ulteriori 10 milioni.

Le Amministrazioni che hanno sottoscritto il Contratto Istituzionale di Sviluppo sono la Presidenza del Consiglio, il Ministero della Cultura, il Ministero dell'Ambiente e della Sicurezza energetica, la Regione Lazio, il Comune di Ventotene, l'Area Marina Protetta e Riserva Naturale Statale e l'Agenzia del Demanio (attuale proprietaria del Bene) insieme a Invitalia, in qualità di soggetto attuatore dell'intervento.

Dal 2020 il Governo italiano ha inteso imprimere un'accelerazione alla realizzazione dei 14 interventi previsti per la sua rifunzionalizzazione, affidando la governance del CIS Ventotene alla regia di un Commissario straordinario; in questo ruolo, nel corso degli anni, si sono succeduti la dott.ssa Silvia Costa, già europarlamentare, il dott. Giovani Maria Macioce, Generale della Guardia di Finanza, e il dott. Giuseppe Francesco Maria Marinello, già Senatore, nominato con DPR il 30 dicembre 2026, attualmente in carica.

Il Progetto di recupero e valorizzazione prevede la trasformazione dell'ex carcere, una volta completato il restauro, per finalità culturali. Le fasi del restauro e della successiva valorizzazione sono dettagliatamente descritte nel Piano di fattibilità sviluppato da Invitalia nel febbraio 2021, mentre il concept relativo alla trasformazione è stato elaborato dalla Struttura commissariale con il contributo di un team di esperti della Cultura e con la divisione beni culturali di Invitalia.

Precedentemente alla cristallizzazione in atti, il concept è stato sottoposto alla comunità di Ventotene che ha partecipato alla sua definizione in un incontro tenuto sull'isola nel settembre 2020,  successivamente il progetto di fattibilità (che ha incluso lo studio del Concept) è stato condiviso con il consiglio e la cittadinanza di Ventotene nel febbraio 2021.

Da allora vi sono state numerose iniziative, promosse dai Commissari che si sono alternati garantendo continuità istituzionale al progetto, tese a rafforzare il percorso di Santo Stefano e di Ventotene in ambito culturale sullo scenario italiano e europeo, portate avanti mentre il progetto di restauro proseguiva fino alla conclusione dei lavori di messa in sicurezza, avvenuta a fine luglio 2026.

Rispetto al Cronoprogramma redatto da Invitalia, le prime due delle tre fasi del percorso di valorizzazione gestite dal CIS Ventotene sono state completate, mentre per quanto riguarda il completamento di tutti i 14 interventi, la scadenza formale è fissata al 2031, termine che comprende anche le attività di monitoraggio e controllo previste dalle normative vigenti.